כנסי ים-המלח השנתיים נועדו לדון בשאלות מדיניות בריאות הנמצאות על סדר היום הציבורי במטרה לשפר את תפקודה של מערכת הבריאות. בכנסים משתתפת צמרת מערכת הבריאות בארץ מכל המגזרים והם משמשים כבמה לחילופי דעות, הסקת מסקנות, השגת הסכמות וגיבוש המלצות.

לכנס ים-המלח מתכונת קבועה: הנושא נקבע על ידי הועד המנהל של המכון. ועדת היגוי בוחרת 3 צוותי עבודה שמכינים מבעוד מועד טיוטות של ניירות עבודה על האספקטים השונים של הנושא. טיוטות אלה מונחות בפני המשתתפים לדיון בשני ימי הכנס במגמה להגיע למרב ההבנה ולגיבוש נייר עמדה והמלצות מוסכמות. למרות שהמשתתפים בכנסים באים מארגוני בריאות בעלי אינטרסים שונים, ברוב השאלות נעשה מאמץ שהדיון יהיה פתוח, צמוד לעובדות ונעדר התנצחויות. נוצרה מסורת המבטיחה שגם בעלי דעות מוצקות נחשפים לטיעונים נגדיים ולהנמקותיהם.

המסמך הסופי, שמסכם את החלופות שנדונו ואת ההמלצות של הכנס, מובא אל שולחן שר הבריאות והנהלת המשרד בתקווה שישקלו את יישומן ואת הדרכים לכך. הניסיון מלמד כי לא אחת תורגמו ההמלצות לדפוסי פעולה ממשיים.

כנס ים-המלח האחרון:

חדש כנס ים-המלח ה-21: בתי חולים/קהילה: אתגרי הזירה המשתנה,  יו"ר רחלי ניסנהולץ גנות ושלומי קודש (2022)  

רשימת כנסים שהיו:

• כנס ים-המלח ה-20: מגפת הקורונה,  יו"ר יונתן הלוי (2021)
• כנס ים-המלח ה-19: 25 שנה לחוק ביטוח בריאות ממלכתי, יו"ר רוני גמזו (2019) 
• כנס ים-המלח ה-18: אחריות מקצועית – עת לרפורמה?, יו"ר אבי ישראלי (2018)
• כנס ים-המלח ה-17: המטופל במרכז: אתגר בעידן החדש, יו"ר אבי ישראלי (2017)
• כנס ים-המלח ה-16: נתוני בריאות – קריאה להסדרה, יו"ר אבי ישראלי (2016)
• כנס ים-המלח ה-15: עיצוב מחדש של מערכות הבריאות, יו"ר חיים ביטרמן (2015)
• כנס ים-המלח ה-14: האחריות לבריאות – סוגיות בלתי פתורות, יו"ר עמיר שמואלי (2013)
• כנס ים-המלח ה-13: ביטוחי הבריאות בישראל, יו"ר גבי בן-נון (2012)
• כנס ים-המלח ה-12: היערכות המדינה לקראת הזדקנות האוכלוסייה, יו"ר ג'ק חביב (2011)
• כנס ים-המלח ה-11: מערכת הבריאות בעידן הדיגיטלי, יו"ר יאיר בירנבאום (2010)
• כנס ים-המלח ה-10: מדוע רפורמות לא מתבצעות, יו"ר קובי גלזר (2009)
• כנס ים-המלח ה-9:   משאבי אנוש במקצועות הבריאות, יו"ר אריה שירום (2008)
• כנס ים-המלח ה-8:   קופות החולים – המשטר התאגידי הגבולות וסלי השירותים, יו"ר קובי גלזר (2007)
• כנס ים-המלח ה-7:   התנהגות בריאותית כיעד לאומי, יו"ר אליק אבירם (2006)
• כנס ים-המלח ה-6:   תחרות והסדרה במערכת הבריאות, יו"ר גבי בן-נון (2005)
• כנס ים-המלח ה-5:   בית החולים במערכת שירותי הבריאות, יו"ר שלמה מור-יוסף (2004)
• כנס ים-המלח ה-4:   פערים ואי-שוויון במערכת הבריאות, יו"ר ליאון אפשטיין (2003)
• כנס ים-המלח ה-3:   התוספת השלישית לחוק ביטוח בריאות ממלכתי יו"ר גור עופר (2002)
• כנס ים-המלח ה-2:   היבטים ברפואה קהילתית, יו"ר גור עופר (2001)
• כנס ים-המלח ה-1:   מערכת הבריאות בעשור הבא: המשך הרפורמה, יו"ר צבי אדר (2000)